Το Ίδρυμα διοικείται σύμφωνα με το άρθρο 4 του Καταστατικού του, από 9μελές Δ.Σ με 5ετή θητεία. Η εκλογή του Δ.Σ γίνεται το πρώτο 15ήμερο του Δεκεμβρίου από τη Γενική Συνέλευση που απαρτίζεται από:
1. τα 9 απερχόμενα μέλη του Δ.Σ του Ιδρύματος
2. τα 10 μέλη του Δ.Σ της Κυθηραϊκής Αδελφότητας Πειραιώς-Αθηνών
3. τα 11 μέλη του Δ.Σ του Κυθηραϊκού Συνδέσμου Αθηνών.

Δικαίωμα εκλογής, έχουν κατά το άρθρο 5, "ευυπόληπτοι Κυθήριοι, εφόσον γεννήθηκαν οι ίδιοι, ή τουλάχιστον ο έτερος των γονέων των εν Κυθήροις και διαμένουσι μονίμως εις την περιφέρεια της τέως Διοικήσεως Πρωτευούσης".

Το τρέχον Δ.Σ με θητεία μέχρι 31.12.2020 έχει ως εξής:

Πρόεδρος:                  Εμμανουήλ Γ. Καλοκαιρινός 
Αντιπρόεδρος:            Γαβριήλ  Ν. Νικηφοράκης    
Γενικός Γραμματέας:  Νικόλαος  Π. Γλυτσός         
Ταμίας:                       Εμμανουήλ Π. Καλλίγερος            
Μέλος:                      Εμμανουήλ Γ. Δευτερέβος
Μέλος:                       Ιωάννης Ε. Ζερβός
Μέλος:                        Πέτρος Γ. Κασιμάτης
Μέλος:                       Ελένη Χ. Στάθη
Μέλος:                       Βασιλική  I. Φλωροπούλου -Σαμίου

 

ΠΡΟΕΔΡΟΙ ΤΡΙΦΥΛΛΕΙΟΥ ΙΔΡΥΜΑΤΟΣ ΑΠΟ ΤΗΝ ΙΔΡΥΣΗ ΤΟΥ

ΚΑΛΟΚΑΙΡΙΝΟΣ ΓΑΒΡΙΗΛ, Αρχιμανδρίτης         1957-1960
ΦΩΤΙΟΣ ΙΩΑΝΝΗΣ του ΠΑΝΤΕΛΗ                    1961-1972
ΚΑΣΙΜΑΤΗΣ ΠΑΝΑΓΙΩΤΗΣ του ΓΕΩΡΓΙΟΥ         1972-1975
ΚΑΣΙΜΑΤΗΣ ΓΕΩΡΓΙΟΣ του ΙΩΑΝΝΟΥ              1976-1995
                                                                 2006-2012

ΣΤΡΑΤΗΓΟΣ ΙΩΑΝΝΗΣ του ΔΗΜΗΤΡΙΟΥ           1996-2006
ΚΑΛΟΚΑΙΡΙΝΟΣ ΕΜΜΑΝΟΥΗΛ του ΓΕΩΡΓΙΟΥ    2012-            


ΔΙΑΤΕΛΕΣΑΝΤΑ ΜΕΛΗ Δ.Σ 1957-2015